A Szanálási Alaphoz csatlakozó intézmény – a tevékenységi engedély kézhezvételét követő harminc napon belül – a jegyzett tőkéjének 0,05 százalékával megegyező összeget köteles a Szanálási Alapba egyszeri csatlakozási díjként befizetni.
A Szanálási Alap tagintézményei éves díjat fizetnek a Szanálási Alap részére. Az éves díj mértékét a szanálási feladatkörében eljáró Magyar Nemzeti Bank határozza meg és arról értesíti a tagintézményeket. Az így megállapított éves díj összegét a tagintézményeknek a Szanálási Alap értesítése alapján féléves részletekben, legkésőbb a tárgyfélév utolsó hónapjának tizenötödik napjáig kell megfizetni.
A Szanálási Alap rendkívüli kölcsönfelvétel vagy kötvénykibocsátás esetén a tagintézmények számára egységes elvek szerint megállapított rendkívüli fizetési kötelezettséget írhat elő, amely fizetési kötelezettség mértékének és ütemezésének igazodnia kell a kölcsöntörlesztési feltételekhez.